Dentro de estos podemos señalar la existencia de varios procesos que han determinado la actual configuración biogeográfica de las tierras peninsulares e insulares.

La situación geográfica de España, ya aludida, entre el norte de África y el extremo suroccidental de Europa, ambas unidas hasta el Pleistoceno, y, a su vez, entre el Mediterráneo y el Atlántico. Esta situación le permite tener influencias de ámbitos con características climáticas, florísticas y faunísticas muy diversas, como son las regiones eurosiberianas, mediterránea, saharo-arábiga y macaronésica.

Durante las glaciaciones cuaternarias, amplios sectores de la Península Ibérica y de los dos archipiélagos tuvieron unas condiciones más cálidas que las del centro y norte de Europa, por lo que sirvieron de refugio a numerosas especies vegetales y animales. La alternancia climática provocó las migraciones de especies de latitudes más elevadas, como el haya, el fresno o el abeto, y otras procedentes del sur en la época posglaciar. Así pues, algunas de estas especies, desaparecidas actualmente del resto de Europa, todavía perviven en determinadas regiones españolas; muchas quedaron aisladas y evolucionaron, dando lugar a endemismos, de los que España posee un amplio patrimonio. La posición subtropical del archipiélago canario y su aislamiento son claves para entender su gran riqueza florística y los numerosos endemismos de la flora canaria.

Las penínsulas del sur de Europa, así como algunos archipiélagos son las rutas más utilizadas por las aves para desplazarse entre Europa y África. Gracias a su localización geográfica, España representa un papel esencial en las rutas de las aves migratorias, bien como área de nidificación de numerosas especies, punto de invernada, o simplemente como zona de descanso. Estos desplazamientos también favorecen la dispersión de semillas y, con ello, el incremento de la diversidad vegetal.

La existencia de un relieve muy contrastado entre llanuras y montañas, áreas costeras y de interior, zonas continentales y archipiélagos, que multiplica la variedad de condiciones ambientales. El relieve influye en la distribución de las plantas, primero, a través de la altitud, puesto que provoca un cambio de temperaturas que se acompaña de un escalonamiento de la vegetación en altura. La montaña, además introduce, modificaciones entre la vertiente de barlovento y la de sotavento, y entre la vertiente de la solana y la de umbría. Además, persiste la vegetación residual en algunas zonas. La cliserie general de España es: encina, roble, rebollo, hayedo, coníferas, abedul y pradera alpina. Aunque en ninguna parte se encuentra entera. Los diferentes pisos aumentan en altitud y descienden en potencia de norte a sur. En las Béticas no existe piso subalpino. Dentro de un mismo sistema montañoso la altitud del piso puede variar en función de la orientación y del tipo de suelo. En casos particulares, como la existencia de calizas en las cumbres, se puede invertir la cliserie, con lo que encontraremos encinas por encima del roble.  Esto da lugar a la cliserie invertida.

A ello se suma la diversidad litológica, donde rocas de diferente composición, cronología y grado de meteorización favorecen la formación de distintos tipos de suelos y, con ello, de diferentes condiciones para que se instale la vegetación y la fauna. La naturaleza de los suelos es otro condicionante destacado, ya que cada especie tiende a colonizar un tipo de suelo.

El suelo es la capa superficial de la corteza terrestre. Se compone de elementos en los tres estados: sólidos (partículas minerales procedentes de la erosión de las rocas y la materia orgánica viva o en descomposición); líquidos (agua) y gases (CO2). La edafología es la ciencia que estudia los suelos. Es el resultado de la alteración del roquedo por el clima y los seres vivos. En su formación y evolución intervienen una serie de factores:

• La roca madre influye en la textura, estructura, permeabilidad y acidez. Hay suelos silíceos (sueltos y permeables), calizos (pastosos y permeables) y arcillosos (compactos e impermeables).
• El clima es el factor más influyente, pues las temperaturas y precipitaciones influyen en los procesos químicos y biológicos. Las precipitaciones condicionan el lixiviado (disolución y arrastre de los materiales de la capa superficial hacia las capas bajas). Los suelos pueden ser zonales o clímax, si su origen está estrechamente unido al clima; o azonales e intrazonales, cuando dependen de otros factores como la naturaleza del roquedo, el encharcamiento, etc.
• La topografía.
• Los seres vivos.
• El tiempo, pues el proceso de formación de un suelo requiere siglos. Así hay suelos jóvenes o incipientes y suelos evolucionados.

Los suelos están formados por horizontes, que son capas individualizadas por sus rasgos físicos, químicos y biológicos. El conjunto de horizontes se llama perfil. En profundidad se encuentran los horizontes D (roca madre) y C (roca madre alterada). En superficie se encuentra el horizonte A que tiene una capa A0, formada por la hojarasca; una capa A1, oscura, formada por humus o materia orgánica en descomposición; y una capa A2, más clara que es una zona de lixiviación o de pérdida de sustancias que son arrastradas por las precipitaciones a las capas inferiores. Entre ambos se sitúa el horizonte B de color más intenso, que tiene una capa de alteración en contacto con el horizonte C y una capa de acumulación de sustancias lixiviadas del horizonte A.

Hay varios tipos de suelos: zonales y azonales. Los suelos zonales de clima oceánico son evolucionados, ricos en materia orgánica y ácidos: a) Sobre roquedo silíceo, la acidez aumenta. Pueden ser la tierra parda húmeda (pastizales) y los rankers (pastos, bosques); b) Sobre roquedo calizo se da la tierra parda caliza (cultivos de judías o maíz, prados) y la terra fusca (forestal)

Los suelos zonales de clima mediterráneo se encuentran muy alterados por la erosión y la acción humana:

1. En las rocas silíceas se da la tierra parda meridional, de poca acidez, (dehesas de encinas y pastizales pobres, o cereales cuando se encala y abona).
2. En el roquedo calizo, los suelos tienen un horizonte arcilloso por la disolución de la caliza y color rojizo por el óxido de hierro. Hay dos tipos: el suelo rojo mediterráneo, excelente para todo tipo de cultivos y la terra rossa que al estar sobre la roca madre es frecuente que aflore ésta, dificultando la mecanización, por ello, suele dedicarse a matorrales o bosques adehesados y cultivos arbóreos como olivo y almendro.
3. En las arcillas y margas surgen los vertisuelos o tierras negras. Son los más fértiles, usados para todo tipo de cultivo, excepto los arborescentes. Son propios del valle del Guadalquivir, la Tierra de Barros en Badajoz y la cuenca de Pamplona.
4. En las áreas esteparias predomina el suelo gris subdesértico o serosem. En regadío es bastante fértil, aunque se saliniza fácilmente por la acusada evaporación.

Los suelos azonales e intrazonales se encuentran en cualquiera de las áreas climáticas. Los azonales no tienen un perfil característico, por ser jóvenes o estar en pendientes pronunciadas. Los intrazonales tiene perfil definido y que contrasta con los de su entorno. Los más habituales son los pardo-calizos y rendzinas; los aluviales; los encharcados; los arenosos; los salinos; los volcánicos.

Unas condiciones climáticas muy diversas con notables contrastes entre las regiones de clima mediterráneo y oceánico, y entre estas y las que se dan en el archipiélago de Canarias. El clima mediterráneo es el más extendido y es un importantísimo factor de diversidad biogeográfica, tanto por los contrastes estacionales como por las gradaciones espaciales, que permiten la aparición de biotopos diversos. Además, tanto en el territorio peninsular como en los archipiélagos hay una gran diversidad de climas locales, en función de la altitud de los territorios y su diferente exposición a las masas de aíre. Ello se traduce en la presencia de especies adaptadas tanto al frío como a las elevadas temperaturas y la aridez. El intercambio de masas de aire, representativo de la circulación atmosférica de la zona templada, permite que desciendan desde latitudes más septentrionales especies propias de climas más fríos y húmedos, al mismo tiempo que ascienden especies subtropicales de climas más cálidos. Con ello, las especies vegetales pueden clasificarse también según sus necesidades o preferencias. Así tendremos: vegetación xerófila, adaptadas a climas secos; higrófila, a zonas húmedas; umbrófila: zonas de sombras; termófila, que no tolera grandes descensos de temperaturas; o, criófilas, adaptadas al frío

La distribución de los recursos hídricos, muy desigual en España, tanto espacial como estacionalmente, lo que también influye en la localización de la flora y la fauna. En las regiones de clima oceánico o en numerosas áreas de montaña, el agua aportada por la precipitación supera a la que es consumida por la evaporación, por lo que un volumen considerable puede circular por los ríos. En contrapartida, en las regiones mediterráneas y en amplios sectores de Canarias, la mayor parte del agua de lluvia se evapora o es utilizada por los seres vivos; por ello, en la mayoría de los casos, los cursos de agua solo se activan tras las lluvias torrenciales. Muchas especies han desarrollado mecanismos para adaptarse a estos contrastes.

La prolongada y cada vez más intensa intervención del ser humano sobre el medio natural ha conducido a una modificación y cierto deterioro de los paisajes naturales, mayor a medida que ha aumentado la presión demográfica y el desarrollo científico y tecnológico. La acción antrópica, incidencia de la actividad humana sobre la biodiversidad, ha tenido consecuencias de diferente signo. En unas ocasiones ha contribuido a la diversificación de ecosistemas -por ejemplo, mediante algunas prácticas agrarias (el eucalipto que es una especie australiana)-, o a la conservación de algunas especies, sobre todo aquellas de las que podía beneficiarse por su interés económico. En otras, en cambio, ha favorecido su extinción. La deforestación, por ejemplo, se acompaña en las últimas décadas de una intervención positiva (protección de espacios naturales, repoblación con especies autóctonas, …), pues las personas somos cada vez más conscientes de la necesidad de preservar el medio natural y conseguir un desarrollo sostenible. No obstante, existen notables contrastes entre áreas intensamente explotadas durante siglos, y otras quedar en una posición marginal de los flujos económicos, han preservado parte de su biodiversidad.